Η Μονή της Παναγίας της Φανερωμένης του Τράχηλα ήταν μια από τις σπουδαιότερες και πιο φημισμένες μονές της Κρήτης. Ιδρύθηκε τον 15ο αιώνα από τον Ιωαννίκιο και ανακαινίστηκε και επεκτάθηκε τον 17ο αιώνα από τον Γεννάδιο. Πιθανότατα καταστράφηκε το 1538 από τον Μπαρμπαρόσα και σίγουρα το 1829 από τους Τούρκους. Από το 1870 και μέχρι το 1901 αποτελούσε μετόχι της Μονής Τοπλού στη συνέχεια μεταβιβάστηκε στην ενορία της Σκοπής.

Η ονομασία της μονής προέρχεται από εικόνα της Παναγίας την οποία, σύμφωνα με την παράδοση, βρήκε ένας βοσκός στην σπηλιά που βρίσκεται δίπλα στο ναό. Ο βοσκός την πήρε μαζί του αλλά όταν έφτασε σπίτι συνειδητοποίησε ότι η εικόνα είχε «επιστρέψει» στο σημείο που τη βρήκε. Αφού αυτό επαναλήφθηκε για άλλες δύο μέρες και η εικόνα της Παναγίας συνέχισε να «φανερώνεται» στη σπηλιά, η εικόνα παρέμεινε στο σημείο όπου χτίστηκε η μονή που πήρε το όνομα Φανερωμένη.

Το καθολικό είναι δίκογχος ναός αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου και στον Άγιο Γεώργιο, με τοιχογραφίες του 1455. Υπάρχουν παλιές ωραίες εικόνες και επιγραφικά χαράγματα μεταξύ των οποίων ένα σε ωραία ελεγειακά δίστιχα για την ανακαίνιση της και ένα των Αφών Παντογάλων. Χαρακτηριστικές είναι οι σπηλιές που υπάρχουν μέσα στο φαράγγι τις οποίες χρησιμοποιούσαν οι ερημίτες της Μονής.
Σήμερα αρκετά κτίσματα έχουν ανοικοδομηθεί. Έχουν διατηρηθεί έξι από τα μεσαιωνικού τύπου κελιά, ο φούρνος της μονής, αλλά και ένα παλιό ελαιοτριβείο.
Δυστυχώς το μοναστήρι δεν κατοικείται πια, όμως τον Δεκαπενταύγουστο κατακλύζεται από προσκυνητές που φιλοξενούνται στους ξενώνες και γίνεται μεγάλο πανηγύρι και περιφορά της εικόνας της Παναγίας.

Η Μονή βρίσκεται σε ένα ειδυλλιακό τοπίο. Ανατολικά της από τη θέση Πλατάνι ξεκινά το όμορφο φαράγγι των Αγ. Πάντων που πρόσφατα σημάνθηκε και αναδείχτηκε. Αποτελεί θαυμάσια φυσιολατρική διαδρομή.